On considère que, à la faveur des périodes interglaciaires, une recolonisation végétale s'est faite progressivement à partir de zones refuges
situées plus au sud ou plus à l'est. C'est seulement depuis 10 000 ans que la forêt s'est réimplantée sur le massif. L'histoire de la végétation
jurassienne est intimement liée à celle des préalpes (Bauges, Chartreuse...). Les énormes langues glaciaires du Rhône (pour la partie
sud du massif) et Rhin-Aar (pour la partie nord), ont permis voir favorisé le transport de certaines plantes. Ainsi certaines espèces ne se
rencontrent qu'aux extrémités du massif (l'érine des Alpes, la primevère auricule, la berce du jura, la gentiane à fleurs
d'asclépiades...). Il n'est pas exclu que des milieux très spécialisés (certaines falaises) aient pu servir de refuge pendant les périodes
glaciaires. La flore jurassienne est donc très jeune, en pleine construction et ceci explique le nombre très réduit d'espèces endémiques.
Elle est estimée à près de 2100 espèces soit 45% de la flore française. Les pressions humaines, présentes dès le néolithique, sont
responsables de profondes modifications des groupements végétaux et des paysages. Ainsi l'abaissement de la limite supérieure de la
forêt est attribuable en grande partie à la pression pastorale. Les landes subalpines de substitution donnent aux sommets jurassiens un
cachet incontestable.
On peut considérer que trois facteurs déterminent les types de végétation : l'ensoleillement, la disponibilité en eau et la température. Mais
l'altitude est déterminante et on peut parler d'étages bioclimatologiques. Pour le Jura, l'altitude croît d'ouest en est. Les chaînons vont
retenir les pluies et les pentes au dessus de la plaine suisse sont préservées.
Les facteurs modifiant ces conditions générales sont l'orientation des chaînons (écarts thermiques), la nature des roches, les pressions
pastorales et forestières. Dans les combes jurassiennes où l'on rencontre des inversions thermiques, on peut trouver des pins à crochet à
850 m / 1000 m alors qu'habituellement on ne le trouve qu'au dessus de 1700 m.
La chênaie-charmaie s'étend sur les premiers contreforts entre 300 et 800 m. Entre 800 et 1500 m la hêtraie-sapinière est reine. La
limite entre les deux est toutefois relativement floue. En fonction de la nature de la roche sous-jacente et des sols,
cette forêt présente plusieurs aspects. Dans les combes fraîches et bien irriguées, s'ajouteront les érables. Cette
forêt est bien caractérisée aussi par une végétation à hautes herbes et le sapin est peu présent remplacé par
l'épicéa. Dans les pentes à gros blocs calcaires vers 800 m , le tilleul est présent et on trouvera le cyclamen
d'Europe ou le muguet. Sur les dalles calcaires compactes, l'accumulation des litières de résineux favorise
l'apparition de plantes à l'aise dans les milieux acides : myrtilles, pyroles...
Sur les surfaces déboisées de vastes prairies et pelouses permettent une agriculture tournée vers la production
laitière. La richesse floristique de ces pelouses est exceptionnelle avec plus de 400 espèces recensées. Mais les
pratiques agricoles réduisent cette diversité. Une attention toute particulière doit être apportée aux zones
humides qui ont pratiquement disparu côté Suisse.
L'étage alpin est caractérisé par l'absence naturelle d'arbres; on le rencontre vers 2100 m dans les Alpes du Nord.
Difficile de parler d'étage alpin pour le Jura dont l'altitude ne dépasse pas 1718 m. Et pourtant dans la partie sud
du massif (de la Dole au grand crêt), des micropeuplements se rattachent à la flore de l'étage alpin : pulsatille des alpes, trèfles bruns
et aussi bartsies sont là pour en témoigner.
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