Le grand Arc montagneux de 350 km qui dessine le Jura est particulièrement net. Au nord-est, il butte contre le massif de la Forêt
Noire. Au sud ce sont les préalpes calcaires qui le bordent. Il est entouré de dépressions : au nord, le fossé rhénan; à l'est, la plaine
molassique Suisse; à l'ouest, la dépression de l'Ognon; au sud-ouest, la dépression de Bresse et au sud, la dépression du bas-
Dauphiné. Les altitudes les plus fortes se rencontrent au sud de l'arc avec le Crêt de la Neige qui culmine à 1718 m. D'ouest en est, le
relief est marqué par une succession de plateaux, plus étendus vers le nord, qui permettent d'atteindre la haute chaîne jurassienne.
L'altitude chute brutalement côté suisse pour rejoindre la plaine molassique. Par endroits, de profondes entailles souvent obliques (les
cluses) transpercent les chaînes montagneuses et permettent la communication.
Les paysages jurassiens sont bien sûr corrélés avec la structure géologique. La succession de plateaux et de monts sont source de paysages
botaniques forts différents. Les crêts tranchent souvent par leur aridité avec la végétation luxuriante des combes très verdoyantes. La
région des lacs, sujet principal de ce site, est concentrée dans la partie sud de la région, la plus tourmentée. Enfin il convient d'évoquer
les tourbières jurassiennes, micro biotopes très riches suscitant un intérêt international. Plus de 200 espèces occupent ces milieux
originaux dont une quarantaine sont considérées comme rares, certaines étant arctiques et boréales.
Le réseau hydrographique de la région est assez spécifique et très compliqué du fait de la structure karstique de celle-ci. Les eaux de
pluie s'infiltrent dans les couches calcaires fissurées et surgissent là où une couche argileuse ou marneuse stoppe l'infiltration (Loue,
Lison). Les rivières majeures sont le Doubs (qui rejoint la Saône après un vaste crochet en direction du Nord et perd près de
Pontarlier une partie de ses eaux qui vont rejoindre souterrainement la Loue) et l'Ain qui rejoint directement le Rhône en direction
du sud.
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