La partie sud du Jura a autant de climats que de reliefs différents : la plaine au climat modéré, les côtes du Jura (le Revermont) au
climat ensoleillé, les plateaux et le pays des lacs au climat continental (chaud l'été et froid l'hiver), le Haut-Jura et son climat de
montagne. Les quelques moyennes suivantes donnent un assez bon aperçu des contrastes climatiques jurassiens :
- Dole (la plaine) 6 jours de neige et 10°4C de température annuelle moyenne.
- Lons le Saunier (le Revermont), 14 jours de neige et 10°8C de température annuelle moyenne avec environ 1900 heures se soleil.
- Besain (premier plateau de Champagnole) 33 jours de neige et 8°6C de température moyenne annuelle.
- Lamoura (Haut-Jura), 127 jours de neige et 5°5C de température moyenne annuelle.
Le plateau et la montagne enregistrent des écarts thermiques importants pouvant dépasser 50°C. L'influence océanique est marquée par
la prédominance des vents d'ouest ou de sud-ouest apportant la pluie. Les parties les plus hautes reçoivent plus de 2 m d'eau par an alors
que le premier plateau "se contente" de 1,20 m environ. L'été est caractérisé par la fréquence des orages, parfois violents. De ce fait, la
montagne ne manque jamais d'eau malgré la perméabilité des sols karstiques. Quelques phénomènes rares comme les glacières sont à
mentionner, encore vivantes côté Suisse.
La "bise", ce vent glacial du nord ou nord-est, froid et sec, s'engouffre dans les vallées orientées majoritairement nord-sud.
Des températures extrêmes de -35°C à -40°C ne sont pas rares dans quelques endroits particuliers : les pôles du froid.
Ainsi "La Brévine" en Suisse (à la hauteur de Morteau),
Mouthe (sud du Haut-Doubs) et St-Pierre à proximité
de St-Laurent en Grandvaux dans le Jura sont
coutumiers des grands froids. Mouthe a enregistré -41°C en
1985. Pour autant, la saison hivernale n'est pas
désagréable : le soleil brille fréquemment et le ciel est clair.
Ce vent du nord est la cause des gelées printanières et
automnales aux conséquences nuisibles pour certaines
espèces végétales. L'essentiel des précipitations dans le
Haut-Jura se fait sous forme de neige. Il n'est pas rare
d'avoir 5 mois consécutifs d'enneigement comme ce
dernier hiver 2005/2006. La transition printanière est
courte en montagne et l'on passe presque directement de
l'hiver à l'été.
Ce climat très contrasté explique en partie la diversité des
paysages botaniques sur le massif, sans négliger les facteurs
micro-climatiques. Ce "Jura vert" abrite une flore très
diversifiée et présente souvent des automnes somptueux.
documentation : fin XVIIIè et XIXè siècles : terribles
années en montagne.